Peetri Maja ajalugu on väärikas ja mitmekülgne. Mitme ehitusjärguga maja on legendipäraselt seotud tsaar Peeter I Tartus viibimisega 1704. aastal. Teadaolevalt on see üks väheseid hooneid Tartus, mis on üle elanud linna purustamise 1708. aastal ja mille ehitamise algus ulatub keskaega. Hoone esmamainimine ametlikes allikates ulatub aga juba 16. sajandi esimesse poolde, esimene kirjalik teade tollase Püha Jaani tänaval asuva krundi kohta leidis aset 1546. aastal.
16.sajandi esimeses pooles on tollase Püha Jaani tänaval paikneval krundil asunud ait, mille esimeseks omanikuks oli Heinrich Wangarsen. Järgneva sajandi jooksul vahetas ait omanikke, kuni 17-nda sajandini lõpukümnendini, mil hoone ehitati ümber elamuks.
Elumaja vahetas omanikke pea igal aastakümnendil. Teiste hulgas märgivad ajalookirjed maja omanikeks erinevatel aegadel näiteks Peterburi Teaduste Akadeemia akadeemikut Franz Ulrich Th. Aepinust, keemia-farmaatsia professor A.H. Schererit, major Carl Adolph von Sieversit, ülikooli tantsuõpetajat Johanna Carolina Tyronit ning linnamuusik Walter Beckmanit, kelle pärijadki hoonet kasutasid.
Linnamuusiku majaomamise perioodi mahub ka markantne märge kroonikas, kus kirjeldatakse 1694. aastal majas toimunud suurt löömingut rootsi ja saksa soost Academia Gustavo-carolina üliõpilaste vahel, joonistusmeister Paolyman`i juuresolekul.
Hoone ajalool on tihe seos ka 1802. aastal taasavatud Tartu Ülikooliga. Kuna Ülikooli peahoone projekteerimine ja ehitamine vältas 6-7 aastat, paigutati alanud õppetöö laiali linnakodanikelt üüritud majadesse. Peetri Majas asus keemia-füüsika professori majaomamise perioodil ülikooli esimene keemialaboratoorium ning kabinet ning hiljem paigutati samasse majja ka loodusteaduste kabinet.
1864 ostis maja enampakkumisel kunstnik Eduard Stelling.
Aastail 1866-1867 leidis maja teisel korrusel endale kodu Vanemuise selts.

Nõukogudeaegsed ümberehitused hõlmavad peamiselt suurte ruumide jagamist väiksemateks eluruumideks. 1828. aasta andmeil oli kogu majas 15 tuba ja 1855. aastal kokku 20 tuba, tänu vahepeal toimunud juurdeehitusele. Sama pinnamahu juures näitas 1956. aasta plaan kahel esimesel korrusel 33 tuba ja ärklikorrusel 6 tuba.